Das U-Boot-Kriegsabzeichen 1939 wurde am 13. Oktober 1939 von Großadmiral Raeder gestiftet. Die Stiftungsurkunde und die Durchführungsbestimmungen wurden am 21. Oktober 1939 im Marineverordnungsblatt veröffentlicht. Es wurden mehrere Entwürfe für das Abzeichen eingereicht. Die Entscheidung über die Ausführung des Abzeichens traf der damalige Konteradmiral Dönitz in seiner Eigenschaftals Befehlshaber der U-Boote. Bereits der Antrag auf die Einführung des Abzeichens war von Dönitz gestellt worden. Gemäß der Ausführungsverordnung vom 31. Juli 1942 zur Verordnung über den Schutz der Waffenabzeichen der Wehrmacht vom 3. Mai 1942 gehörte das U-Boot-Kriegsabzeichen 1939 zu den Kampfabzeichen der Kriegsmarine und genoß in strafrechtlicher Beziehung als solche den gleichen Schutz wie Orden und Ehrenzeichen. Über die Verleihung des Abzeichnes erhielt der Beliehene bzw. seine Hinterbliebenen eine Besitzurkunde. Das Abzeichen wurde unentgeltlich vergeben und verblieb nach dem Ableben des Beliehenen als Erinnerungsstück bei den Hinterbliebenen.

Den mit dem Eichenlaub zum Ritterkreuz des Eisernen Kreuzes ausgezeichneten deutschen Soldaten der U-Bootwaffe wurde vom Großadmiral Raeder das Abzeichen mit Brillanten persönlich überreicht. Eine Stiftungsurkunde oder Verleihungsbestimmungen existieren für diese Sonderform des U-Bootabzeichens nicht. Kriegsbedingt konnte jedoch nicht allen 29 Eichenlaubträgern der U-Bootwaffe das Brillantenabzeichen überreicht werden. Eine besondere Form des Abzeichens mit Brillanten erhielt der "Befehlshaber der U-Boote" Admiral Dönitz 1941/42 vom "Oberbefehlshaber der Kriegsmarine", dem Großadmiral Dr.h.c. Raeder.